-
1 секвенирование
Определение последовательности аминокислотных остатков в белках и последовательности нуклеотидов в нуклеиновых кислотах.
секвенирование белка — protein sequencing (см. также белки)
секвенирование ДНК — DNA sequencing (см. также ДНК)
Метод определения нуклеотидной последовательности, основанный на синтезе радиоактивно меченой комплементарной цепи ДНК с использованием в качестве матрицы нативной ДНК. В реакционной смеси присутствуют четыре немеченых дезоксирибонуклеозидфосфата, из которых строится комплементарная цепь ДНК, и модифицированная форма одного из оснований, при включении которого рост цепи прекращается. В результате синтезируются цепочки ДНК различной длины. Цепи разделяют с помощью гель-электрофореза и проводят радиоавтографию. Последовательность оснований считывают непосредственно с фотоплёнки.
секвенирование ДНК методом химического расщепления по Максаму и Гилберту — Maxam-Gilbert chemical sequencing cleavage
Метод определения нуклеотидной последовательности, при котором метят 3'-конец молекулы ДНК радиоактивным фосфатом (32PO43–). Затем ДНК обрабатывают реагентами, расщепляющими эту цепь около определённых оснований. С помощью электрофореза в полиакриламидном геле разделяют фрагменты разной длины. Последовательность оснований считывают с плёнки, полученной методом радиоавтографии.
секвенирование РНК — RNA sequencing (см. также РНК)
Метод определения последовательности оснований в самой РНК, для чего сначала метят 5'- конец или 3'-конец молекулы РНК с помощью 32PO43–. Затем меченую цепь расщепляют с помощью ферментов, специфичных к определённым последовательностям. Используя радиографию, получают карту, по которой находят последовательность оснований.
Метод определения последовательности оснований, в котором вначале синтезируют цепочку ДНК, комплементарную РНК, а затем определяют её нуклеотидную последовательность. Далее с помощью метода химического расщепления для секвенирования ДНК получают радиоавтограмму.
Русско-английский словарь терминов по микробиологии > секвенирование
-
2 секвенирование белков
Универсальный русско-английский словарь > секвенирование белков
-
3 секвенирование белков
Русско-английский биологический словарь > секвенирование белков
-
4 клонирование и секвенирование кДНК рецептора экдистероидов и иммунохимическая локализация белка EcR в процессе разви
Универсальный русско-английский словарь > клонирование и секвенирование кДНК рецептора экдистероидов и иммунохимическая локализация белка EcR в процессе разви
-
5 белки
proteins; albuminsСложные органические вещества ( полипептиды), состоящие из аминокислот, соединённых пептидными ( амидными) связями; важнейшие компоненты живой клетки (см. также альбумины).
Продукт Staphylococcus aureus, способный связывать иммуноглобулин G; используется для измерения клеточных антигенов и антител. Образует комплексы с антителами, не нарушая их связывания с антигеном. В иммобилизованной форме используется в аффинной хроматографии для разделения подклассов иммуноглобулинов, а также в различных типах иммунопроб.
Ферменты, имеющиеся во всех путях биосинтеза и ряде путей катаболизма. Кроме катаболитических центров, распознающих и связывающих субстраты, у аллостерических белков есть и другие стереоспецифические участки – аллостерические центры, а именно места связывания эффекторов, изменяющих сродство фермента к субстрату. Аллостерические эффекторы представляют собой низкомолекулярные соединения, конечные продукты биосинтеза или такие вещества, как АТФ, АДФ, АМФ, ацетил-КоА, фосфоенолпируват и NADH.
Образование белков из аминокислот; осуществляется путём последовательной поликонденсации отдельных аминокислотных остатков, начиная с амино-N-конца полипептидной цени в направлении к карбоксильному C-концу.
Общий термин для белков вирусной частицы и белков, индуцированных вирусом.
Полипептиды, образуемые экспрессией гибридного гена.
Белки, характеризующиеся более сложным способом свёртывания цепи по сравнению с фибриллярными. Эти белки сохраняют свою структуру преимущественно за счёт взаимодействия гидрофобных остатков. Примеры: миоглобин, лизоцим, карбоксипептидаза A.
Белки, потерявшие свою естественную конфигурацию при воздействии дестабилизирующего агента, например тепла (см. также денатурация).
белки, дестабилизирующие спираль — helix-destabilizing proteins, HDP
Специфичные белки, связывающиеся с разделяющимися нитями двойной спирали ДНК в вилке репликации для поддержания ДНК в «расплетённом» состоянии.
Входят в состав электрон-транспортных цепей ( участвуют в переносе протонов и электронов). Они содержат негеминовое железо, с одной стороны, связанное с атомами серы остатков цистеина, а с другой – с неорганической сульфидной серой. Помимо транспорта электронов в мембранах, эти белки участвуют в фиксации молекулярного азота, в восстановлении сульфита и нитрита, в фотосинтезе, в освобождении и активации молекулярного водорода и в окислении алканов. Железосерные белки имеют небольшую молекулярную массу ( порядка 10 кДа) и сильно отрицательный окислительно-восстановительный потенциал (см. также ферредоксины).
Различают два типа железосодержащих белков: гемопротеины и белки с негемовым железом. Первый негемовый железосодержащий белок – ферредоксин был выделен из клостридий. В настоящее время известно большое семейство белков с негемовым железом.
Встроенные в мембрану внутренние белки; амфипатические молекулы, имеют центральное гидрофобное ядро, взаимодействующее с жирнокислотными цепями и гидрофильные концы, контактирующие с клеточным содержимым и с окружением. Часто эти белки имеют углеводные цепи, присоединённые к той части молекулы, которая выступает во внеклеточную среду.
Белки, которые встроены в клеточную мембрану или мембрану клеточной органеллы или ассоциированы с ней. Молекулярная масса мембранных белков обычно варьирует в пределах от 10 кДа до 240 кДа.
Белок в своем естественном, in vivo состоянии, в противоположность денатурированному.
Структурный белок, из которого состоит оболочка вируса ( фага) и клеток микроорганизмов.
белки одноклеточных — single cell protein, SCP
Продукт выращивания дрожжей, бактерий, грибов или водорослей ради их белкового содержимого; используется в продуктах питания и животном корме, поскольку содержит углеводы, жиры, витамины и минеральные вещества.
Мембранные белки, но в отличие от интегральных ( внутренних) белков они не пронизывают мембрану и связаны с ней менее прочно.
Расщепление сигнальной последовательности, регулирующей прохождение белка через мембрану клетки или органеллы.
Белки, состоящие только из аминокислот.
Белки, осуществляющие гидролиз других белков. Продукты жизнедеятельности бактерий (например, Bacillus subtilis) и грибов. Используются в качестве добавки к моющим средствам, в кожевенной промышленности при дублении кожи, в научно-исследовательской практике.
Белки-посредники, обеспечивающие для эффекторов взаимодействие с ДНК (см. также репрессор и апорепрессор).
Процесс, обратный денатурации, при котором белки возвращают свою нативную ( биологически активную) пространственную структуру (см. также ренатурация).
Белки, входящие в состав рибосомы. Рибосомные белки характеризуются глобулярной компактной конформацией с развитой вторичной и третичной структурой; они занимают преимущественно периферическое положение в ядре, состоящем из рибосомной РНК (см. также рибосомный).
Растворимые белки, которые специфически и обратимо связывают различные вещества, включая сахара, аминокислоты, неорганические ионы и витамины.
Аналитический метод, используемый для определения последовательности аминокислот, составляющих пептид или белок (см. также секвенирование).
Химический метод синтеза пептидных связей (предложен в 1960 г. Мерифильдом, США). Этот метод получил название твёрдофазного синтеза пептидов. Метод Мерифильда прост в техническом оформлении, что позволяет полностью автоматизировать процесс.
сложные белки — conjugated proteins, proteids
Белки, содержащие помимо аминокислот небелковые компоненты, а именно ионы металла или органические молекулы – липиды, углеводы или нуклеиновые кислоты.
Белки, функционирующие как структурные компоненты клетки.
Гистоны - структурные белки эукариотических хромосом; относительно небольшие белки с очень большой долей положительно заряженных аминокислот ( лизина и аргинина); положительный заряд помогает гистонам прочно связываться с ДНК ( которая заряжена сильно отрицательно) независимо от её нуклеотидной последовательности (см. также хромосомный).
-
6 sequencing
секвенирование ( определение первичной структуры макромолекул)amino acid sequencing — секвенирование белков ( определение аминокислотной последовательности белка)
nucleotide sequencing — секвенирование нуклеиновой кислоты ( определение последовательности нуклеотидов в молекуле нуклеиновой кислоты)
shotgun sequencing — секвенирование методом «выстрела из дробового ружья» (метод определения первичной нуклеотидной последовательности с использованием крупных стохастических фрагментов с перекрывающимися последовательностями)
-
7 amino acid sequencing
English-russian biological dictionary > amino acid sequencing
-
8 amino acid sequencing
Англо-русский словарь по иммунологии > amino acid sequencing
-
9 protein sequencing
-
10 Bioinformatics
Биоинформатика — новое направление исследований, использующее математические и алгоритмические методы для решения молекулярно-биологических задач. В отечественной генетике зарождение этого направления тесно связано со становлением и развитием Института цитологии и генетики СО АН СССР в Новосибирском Академгородке. Первая международная конференция по Б. регуляции и структуры генома в странах СНГ была организована и проведена в этом институте (24–31 августа 1998 г.). Совершенствование экспериментальных методов приводит к экспоненциальному росту молекулярно-биологических данных и возникновению абсолютно новой для биологии междисциплинарной задачи анализа и хранения информации из лабораторий, рассеянных по всему миру. Задачи Б. можно определить как развитие и использование математических и компьютерных методов для решения проблем молекулярной биологии. Выделяют: (1) Задачу поддержания и обновления баз данных. Современная эра в молекулярной биологии началась с момента открытия двойной спирали Уотсоном и Криком в 1953 г. Эта революция породила большой объем данных полученных прямым чтением ДНК из разных участков геномов. Быстрое секвенирование стало возможно 10 лет назад, первый полностью секвенированный геном — геном бактерии Haemophilus influenzae, 1800 т.п.н. В 1996 г. закончено секвенирование первого генома эукариот, генома дрожжей (10 млн п.н.) и секвенирование продолжается со скоростью более 7 миллионов нуклеотидов в год. Знание геномной ДНК в значительной мере сделало возможным ряд фундаментальных биологических открытий, таких как интроны, самосплайсирующиеся РНК (см. РНК-процессинг), обратная транскрипция и псевдогены. Однако существующие базы данных не вполне адекватны требованиям молекулярных биологов: одной из нерешенных проблем является создание программного обеспечения для простого и гибкого доступа к данным. (2) Другой класс задач в большей степени ориентирован на поиск оптимальных алгоритмов для анализа последовательностей. Типичным примером такой задачи является задача выравнивания: как выявить сходство между двумя последовательностями, зная их нуклеотидный состав? Задача решается множество раз в день, поэтому нужен оптимальный алгоритм с минимальным временем выравнивания. (3) Можно также выделить ряд направлений современной Б.: создание и поддержка баз данных (БД) регуляторных последовательностей и белков; БД по регуляции генной экспрессии; БД по генным сетям; компьютерный анализ и моделирование метаболических путей; компьютерные методы анализа и распознавания в геноме регуляторных последовательностей; методы анализа и предсказания активности функциональных сайтов в нуклеотидных последовательностях геномов; компьютерные технологии для изучения генной регуляции; предсказания структуры генов; моделирование транскрипционного и трансляционного контроля генной экспрессии; широкомасштабный геномный анализ и функциональное аннотирование нуклеотидных последовательностей; поиск объективных методов аннотирования и выявления различных сигналов в нуклеотидных последовательностях; эволюция регуляторных последовательностей в геномах; характеристики белковой структуры, связанные с регуляцией; экспериментальные исследования механизмов генной экспрессии и развитие интерфейса, связывающего экспериментальные данные с компьютерным анализом геномов. Первые работы по компьютерному анализу последовательностей биополимеров появились еще в 1960-1970-х годах, однако формирование вычислительной биологии как самостоятельной области началось в 1980-х годах после развития методов массового секвенирования ДНК. С точки зрения биолога-экспериментатора, можно выделить пять направлений вычислительной биологии: непосредственная поддержка эксперимента (физическое картирование (см. Физическая карта), создание контиг (см.) и т.п.), организация и поддержание банков данных, анализ структуры и функции ДНК и белков, эволюционные и филогенетические исследования, а также собственно статистический анализ нуклеотидных последовательностей. Разумеется, границы между этими направлениями в значительной мере условны: результаты распознавания белок-кодирующих областей используются в экспериментах по идентификации генов, одним из основных методов предсказания функции белков является поиск сходных белков в базах данных, а для осуществления детального предсказания клеточной роли белка необходимо привлекать филогенетические соображения. В 1982 г. возникли GenBank и EMBL — основные банки нуклеотидных последовательностей. Вскоре после этого были созданы программы быстрого поиска по банку — FASTA и затем BLAST. Позднее были разработаны методы анализа далеких сходств и выделения функциональных паттернов в белках. Оказалось, что даже при отсутствии близких гомологов, можно достаточно уверенно предсказывать функции белков. Эти методы с успехом применялись при анализе вирусных геномов, а затем и позиционно клонированных генов человека. Алгоритмы анализа функциональных сигналов в ДНК ( промоторов, операторов, сайтов связывания рибосом) менее надежны, однако и они в ряде случаев были успешно применены, напр., при анализе пуринового регулона Escherichia coli. Идет активная работа над созданием алгоритмов предсказания вторичной структуры РНК. Алгоритмические аспекты этой проблемы были разрешены достаточно быстро, однако оказалось, что точность экспериментально определенных физических параметров не позволяет осуществлять надежные предсказания. В то же время, сравнительный подход, позволяющий построить общую структуру для группы родственных или выполняющих одну и ту же функцию РНК, дает существенно более точные результаты. Другим важным достижением, связанным с рибосомальными РНК, стало построение эволюционного древа прокариот и вытекающей из него естественной классификации бактерий, используемой в банках нуклеотидных последовательностей, в частности GenBank. Статистическая информация (в виде предсказания GenScan), последовательности гомологичных белков и последовательности EST являются исходным материалом для предсказания генов в последовательностях ДНК человека программой ААТ. Алгоритмы, объединяющие анализ функциональных сигналов в нуклеотидных последовательностях и предсказание вторичной структуры РНК, используются для поиска генов тРНК и самосплайсирующихся интронов. Одновременный анализ белковых гомологий и функциональных сигналов позволил получить интересные результаты при эволюцию системы репликации по механизму катящегося кольца. Опыт показывает, что надежное предсказание функции белка по аминокислотной последовательности возможно лишь при одновременном применении разнонаправленных программ структурного и функционального анализа. Основное — это приближение теоретических методов к биологической практике. Во-первых, вновь создаваемые алгоритмы все ближе имитируют работу биолога. В частности, был формализован итеративный подход к поиску родственных белков в банках данных, позволяющий работать со слабыми гомологиями и искать отдаленные члены белковых семейств. При этом все члены семейства, идентифицированные на очередном шаге, используются для создания очередного образа семейства, являющегося основой для следующего запроса к базе данных. Другим примером являются алгоритмы, формализующие сравнительный подход к предсказанию вторичной структуры регуляторных РНК. Во-вторых, создаваемые алгоритмы непосредственно приближаются к экспериментальной практике. Так, повышение избирательности методов распознавания белок-кодирующих областей (возможно, за счет уменьшения чувствительности) позволяет осуществлять предсказание специфичных гибридизационных зондов и затравок ПЦР. Наконец, развитие Интернета — электронной почты и затем WWW — сняло зависимость от модели компьютера и операционной системы и сделало программы универсальным рабочим инструментом.Англо-русский толковый словарь генетических терминов > Bioinformatics
-
11 РНК
Одна из нуклеиновых кислот; биополимер, состоящий из нуклеотидов, содержащих рибозу; РНК находится преимущественно в рибосомах, в меньшем количестве присутствует в ядре и митохондриях; играет важную роль в биосинтезе белка в клетке.
Присоединение аминокислоты к 3'-концевому аденозину молекулы тРНК с образованием аминоацил-тРНК; катализируется ферментом аминоацил-тРНК-синтетазой.
гетерогенная ядерная РНК — heterogeneous nuclear RNA, hnRNA
РНК с большой молекулярной массой, продукт первичной транскрипции эукариотных структурных генов. Содержит последовательности экзонов и интронов, превращается в иРНК при элиминации интронов.
Осуществляется путём щелочного гидролиза.
Фермент, катализирующий синтез РНК.
информационная РНК — messenger RNA, mRNA
Форма РНК, осуществляющая передачу записанной в ДНК информации к местам синтеза белка, состоит из одной цепи и содержит от одной до десяти тысяч пар оснований.
матричная РНК — messenger RNA, mRNA
РНК-полимераза — RNA polymerase (см. также полимераза)
Образование рРНК при расщеплении спейсерных (см. также спейсер) последовательностей.
Образование функционально активных молекул из более длинного предшественника, который подвергается расщеплению и модификации с включением минорных оснований.
РНК, растворимая при низких значениях рН; к растворимым РНК относятся матричная и транспортная РНК.
Копирование генетической информации, содержащейся в РНК вирусного генома; катализируется РНК-репликазами. Образующиеся молекулы РНК служат далее матрицами для синтеза РНК молекул потомков.
рибосомная РНК — ribosomal RNA, rRNA
РНК, нековалентно связанная с рибосомными белками в обеих рибосомных субъединицах и составляющая около 80% общей клеточной РНК.
Синтез молекул РНК, включает стадии инициации, элонгации и терминации.
Образование молекул рРНК, обусловленное посттранскрипционным процессингом предшественников (см. также процессинг).
Удаление последовательностей РНК, соответствующих интронам ДНК, и соединение участков, которые транскрибированы с кодирующих последовательностей ( экзонов).
РНК-транскриптаза — RNA transcriptase (см. также транскриптазы)
транспортная РНК — transfer RNA, tRNA
Низкомолекулярная молекула РНК ( содержит 75-90 нуклеотидов), связывающая аминокислоту и переносящая её к рибосомам для включения в полипептидную цепочку при трансляции.
Стадия транскрипции, которая наступает после присоединения около восьми рибонуклеотидов.
-
12 метод
Метод структурного анализа олигонуклеотидов, основанный на том факте, что при добавлении нового нуклеотида к растущей точке транскрипта alpha-фосфат на его 5'-гидроксиле связывается с 3'-гидроксилом предшествующего нуклеотида.
Метод генетической инженерии, основанный на присоединении к 3'-концам цепей, образующих двухцепочечную ДНК, коротких отрезков одноцепочечной ДНК с регулярной последовательностью ( гомополимерных). Ксли каждый подобный гомополимер состоит из нуклеотидов одного вида и если два таких гомополимера с взаимно комплементарными основаниями присоединены соответственно к плазмиде и кольцевой ДНК, то последние, оказавшись рядом, замкнутся друг на друга с образованием рекомбинантной плазмиды.
Метод определения чувствительности микроорганизма к антимикробному лекарственному средству, нанесенному на бумажный диск или ( в виде раствора) в лунку, вырезанную в агаре, основан на измерении зоны ингибирования роста.
Приготовление срезов препарата в замороженном состоянии.
Использование меченых соединений, связанных со специфическими антителами, для локализации антигена (например, белка) в клетке.
Аналитическая процедура, используемая для определения количества азота в образце.
Наиболее широко используемый метод количественного биохимического анализа белков.
Метод, используемый для выделения определённого типа микроорганизмов из смешанной культуры. Для этого состав среды, pH, температура, освещённость, питательные кофакторы и т. п. подбираются таким образом, чтобы способствовать наиболее быстрому росту требуемого организма и, наоборот, замедлять рост нежелательных видов.
Метод, используемый для определения нуклеотидной последовательности ДНК (см. также секвенирование).
метод перепечатывания колоний — replica plating (см. также перепечатывание)
Один из методов определения нуклеотидной последовательности ДНК, основанный на синтезе комплементарных цепей ДНК.
Регулирование процесса непрерывного культивирования микроорганизмов изменением pH среды.
Метод определения концентрации бактериальных взвесей, основанный на оценке степени мутности.
Метод, используемый для определения нуклеотидной последовательности ДНК (см. также секвенирование).
-
13 amino acid sequencing
-
14 cloning and sequencing of ecdysteroid receptor cDNA and immunochemical localization of EcR-protein during butterfly wing development
Универсальный англо-русский словарь > cloning and sequencing of ecdysteroid receptor cDNA and immunochemical localization of EcR-protein during butterfly wing development
-
15 protein sequencing
-
16 сауз-вестерн блоттинг
[англ. southwestern — юго-западный; англ. blotting — промокание, получение реплики пятен]метод быстрой идентификации белка, связанного с ДНК, используемый для определения ДНКбелковых взаимодействий. Первоначально белки разделяют с помощью электрофореза в полиакриламидном геле и иммобилизуют на нитроцеллюлозной мембране в нативной конфигурации. Затем рестрикционные фрагменты ДНК-мишени метят и гибридизуют с иммобилизованными белками в присутствии неспецифической конкурентной ДНК. Связывающийся с определенным белком фрагмент ДНК выявляют с помощью радиоавтографии, далее он может быть элюирован из каждого индивидуального ДНК-белкового комплекса и затем секвенирован (см. секвенирование). Метод предложен Дж. Лелонтом с соавт. в 1989 г.Толковый биотехнологический словарь. Русско-английский. > сауз-вестерн блоттинг
См. также в других словарях:
ГЕН (наследственный фактор) — ГЕН (от греч. genos род, происхождение), участок молекулы геномной нуклеиновой кислоты, характеризуемый специфической для него последовательностью нуклеотидов, представляющий единицу функции, отличной от функций других генов, и способный… … Энциклопедический словарь
Проект «Геном человека» — Логотип проекта Проект по расшифровке генома человека (англ. The Human Genome Project, HGP) международный научно исследовательский проект, главной целью которого было опр … Википедия
Проект Геном Человека — Логотип проекта Проект по расшифровке генома человека (англ. The Human Genome Project, HGP) международный научно исследовательский проект, главной целью которого было определить последовательность нуклеотидов, которые составляют ДНК и… … Википедия
Полимеразная цепная реакция — (ПЦР) экспериментальный метод молекулярной биологии, позволяющий добиться значительного увеличения малых концентраций определённых фрагментов нуклеиновой кислоты (ДНК) в биологическом материале (пробе). Помимо амплификации ДНК, ПЦР… … Википедия
ПЦР — Запрос «ПЦР» перенаправляется сюда. Cм. также другие значения. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) экспериментальный метод молекулярной биологии, позволяющий добиться значительного увеличения малых концентраций определённых фрагментов нуклеиновой… … Википедия
Полимеразная цепная — Запрос «ПЦР» перенаправляется сюда. Cм. также другие значения. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) экспериментальный метод молекулярной биологии, позволяющий добиться значительного увеличения малых концентраций определённых фрагментов нуклеиновой… … Википедия
НУКЛЕИНОВЫЕ КИСЛОТЫ — (полинуклеотиды), биополимеры, осуществляющие хранение и передачу генетич. инфор мации во всех живых организмах, а также участвующие в биосинтезе белков. Первичная структура Н. к. представляет собой последовательность остатков нуклеотидов.… … Химическая энциклопедия
Биоинформатика — * біяінфарматыка * bioinformatics новое направление исследований, использующее математические и алгоритмические методы для решения молекулярно биологических задач. Задачи Б. можно определить как развитие и использование математических и… … Генетика. Энциклопедический словарь
Анфинсен, Кристиан Бемер — Кристиан Бемер Анфинсен Christian Boehmer Anfinsen … Википедия
Saccharomycetes — Клетки дрожжей Saccharomyces cerevisiae под микроскопом. Дрожжи внетаксономическая группа одноклеточных грибов, утративших мицелиальное строение в связи с переходом к обитанию в жидких и полужидких, богатых органическими веществами субстратах.… … Википедия
Дрожжевые грибы — Клетки дрожжей Saccharomyces cerevisiae под микроскопом. Дрожжи внетаксономическая группа одноклеточных грибов, утративших мицелиальное строение в связи с переходом к обитанию в жидких и полужидких, богатых органическими веществами субстратах.… … Википедия